内毒素是革兰氏阴性菌细胞壁中的一种成分，也叫脂多糖。在质粒制备过程中细胞裂解步骤释放出来，会显著地降低内毒素敏感细胞的转染效率。给转染带来不可控因素，使得对实验结果无法清楚解析和对比。
UltraClean Endotoxin-Free Mini Plasmid Prep Kit在质粒提取过程中结合了内毒素去除步骤。无需使用免疫亲和柱去除脂多糖。采用改进的碱性裂解试剂裂解细胞。内毒素选择性地沉淀下来。质粒DNA吸附到离心柱滤膜上。经过冲洗，再次释放到不含无内毒素水（试剂盒提供）中。此时质粒DNA有足够浓度直接进行下游实验。
MOBIO去内毒素质粒DNA小量提取试剂盒